กองการศึกษา มีหน้าที่เตรียมการและดำเนินการจัดการศึกษาหลักสูตรของสถาบัน ประเมินผลและรายงานผลการศึกษา แบ่งส่วนราชการออกเป็น
แผนกแผนการศึกษา มีหน้าที่เสนอแนะนโยบาย วางแผนโครงการ แผนการฝึก แผนการศึกษาอบรม การศึกษาดูงานภายในประเทศและต่างประเทศ
แผนกเตรียมการ มีหน้าที่ด้านงานธุรการต่างๆ เตรียมการดำเนินกรรมวิธี และดำเนินการเกี่ยวกับการเปิด – ปิดการศึกษา เป็นที่ปรึกษาและประสานงานการปฏิบัติในกิจกรรมของนักศึกษา
แผนกประเมินผล มีหน้าที่จัดทำสถิติ ทะเบียนประวัติของนักศึกษาในหลักสูตรของสถาบันจิตวิทยาความมั่นคง ติดต่อประสานงานวิทยากรผู้บรรยาย รายงานผลการศึกษาเป็นส่วนรวม ประเมินผลนักศึกษาหลังจบการศึกษาไปแล้ว ประเมินผลหลักสูตร ประเมินอาจารย์
กองวิทยาการ มีหน้าที่ดำเนินการวิจัยและพัฒนาหลักนิยมการปฏิบัติการข่าวสาร สังคมจิตวิทยาและสงครามการเมือง ส่งเสริมให้มีความร่วมมือและประสานการปฏิบัติการด้านวิชาการที่เกี่ยวข้องกับความมั่นคงของชาติ การเผยแพร่วิทยาการของหน่วย แบ่งส่วนราชการออกเป็น
แผนกวิจัยและพัฒนาหลักนิยม มีหน้าที่วิจัยและพัฒนาหลักนิยม กำหนดหลักสูตรการศึกษา ในเรื่องการปฏิบัติการข่าวสาร สังคมจิตวิทยาและสงครามการเมือง และอื่นๆตามที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย
แผนกเอกสารศึกษาและสารสนเทศ มีหน้าที่ดำเนินการด้านเอกสารศึกษา จัดเก็บรักษา เผยแพร่ รวมทั้งวิเคราะห์พัฒนาด้านเทคโนโลยีสารสนเทศ และการประชาสัมพันธ์
กองสนับสนุน มีหน้าที่ในการธุรการ การสารบรรณ การกำลังพล การสถิติและทะเบียนประวัติการบริการและสนับสนุน การรักษาความปลอดภัย